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1、国家基因库序列归档系统

国家基因库序列归档系统(CNSA)是一个深圳国家基因库旗下的生命科学数据归档系统,提供测序数据及分析结果数据归档服务。CNSA 遵循国际通用的组学数据标准,支持项目、样本、实验、测序、组装、变异、单细胞、时空组学等多种数据类型在线、批量递交。其数据递交服务可作为文献出版流程的补充,支持早期数据的共享。已通过 FAIRsharing 认证,被国际科研数据仓储目录 re3data 和开放存取知识库目录 OpenDOAR 收录,被国际著名出版商Elsevier 收录为指定归档库;获得 Wiley、Oxford、Cell Press、Hindawi 出版集团和 Cambridge、ACS、MicrobiologySociety 出版社以及 Science、PLOS、PeerJ 系列期刊认可,符合 SAGE 期刊投稿需求;被全球性项目——地球生物基因组计划(Earth BioGenome Project,EBP)指定为数据存储库。

访问地址: https://db.cngb.org/cnsa/

2、国家基因库生命大数据平台

国家基因库生命大数据平台(China National GeneBank DataBase, CNGBdb)是一个致力于生命科学多组学数据归档和开放共享的数据库平台,是深圳国家基因库的核心功能中生物信息数据库的对外服务平台,拥有深圳国家基因库丰富的样本资源、数据资源、合作项目资源和强大的数据计算和分析能力等优势。生命科学研究已经进入到了一个以高通量多组学数据为基础的大数据时代,迫切需要加强国际合作和信息共享。随着中国经济的发展和在生命科学研究领域的研究项目投入力度的加大,需要建立相关的生命大数据归档和共享的平台,来促进我国生命科学研究项目中生成的基因组学数据的系统管理、开放共享与合理利用。目前,CNGBdb 主要提供生命科学研究相关的数据归档、知识搜索、数据管理、数据计算和数据服务等服务。其归档和共享的数据类型,主要包括项目、样本、实验、测序、组装、变异、单细胞、时空组学等。

访问地址:https://db.cngb.org/

3、GigaScience出版社

GigaScience出版社是BGI的出版部门,主要发表期刊文章及其数据集和软件,发表内容可开放获取。GigaScience出版社与国际出版商和多家基础架构供应商(包括BioMed Central、牛津大学出版社、River Valley Technologies和DataCite)合作出版。

(1)GigaScience期刊

GigaScience于2012年7月创刊,致力于已发表研究结果的数据分析、传播和再利用。作为一种全新的“集成出版”模式的开放获取期刊,GigaScience主要发表生命科学和医学领域的大数据研究,并将文章本身与其研究对象相关联。目前发表的文章包括组学、影像学、神经科学、生态学和网络数据,以及系统生物学和其他新的大数据类型。

为实现上述目标,GigaScience开发了大型开放数据库GigaDB(GigaDB.org),成为首个采用这一新型出版模式的期刊。GigaDB发表了所有与文章相关的数据及其研究对象(软件、工作流等),并将这些数据和研究对象与文章相关联。通过这一技术手段,GigaScience解决了一直困扰科学出版行业的研究可重复性问题。GigaScience还建立了基于Galaxy的数据分析平台(GigaGalaxy.net),用于存储计算方法和工作流,从而在更易访问和使用的情况下使文章中的数据利用达到最大化。

访问地址: https://academic.oup.com/gigascience

(2)GigaByte期刊

GigaByte于2020年9月创刊,是一种全新的期刊,旨在在正式的同行评议出版平台下促进科学信息的快速交流。现代研究由数据驱动,不断更新迭代;出版的最终目标是实现数据可查找、可获取、可互操作和可重复利用(FAIR)。鉴于数据生产、计算工具更新和其他领域的快速发展,GigaByte致力于发表简短的描述性报告,描述大数据研究的持续更新或进展。基于此,GigaByte为科研人员提供了一个可以快速、简便分享其研究成果的平台;研究人员可以在研究过程中不断更新其研究成果,也可以在他人的研究基础之上进一步发表新成果。GigaByte将以完全开放和透明的方式迅速传播和更新研究成果,从而实现研究对象(如数据、软件和计算工作流)的再利用。最终使出版速度与研究速度相匹配。

访问地址: https://gigabytejournal.com/

(3)GigaDB数据库:

GigaDB是一个数据发布平台,旨在将已发表的文章与数据及其他研究对象相关联,实现研究的可重复性和可再利用。该数据库还包括一些分析工具,如小部件和插件,以实现文章与支持性数据集以及云计算资源的交互。此外,数据库还与DataCite合作,为发布的数据集分配DOI,使数据可追溯、可检索和可引用。总之,GigaDB将出版方式从静态过程转变为动态交互过程。

访问地址: http://gigadb.org/